המתיחות המתמשכת במערכת הפלסטינית, ובמיוחד באיו"ש, תחייב את הממשלה העתידית לגבש אסטרטגיה סדורה ומענה מעשי במהירות רבה יחסית. הנושא הפלסטיני צפוי לעמוד בראש סדר יומה של הממשלה החדשה, היות ומדובר במעין "פצצה מתקתקת". האתגר המרכזי הוא האיום הביטחוני הגובר בצפון השומרון המאיים להתפשט לאזורים אחרים באיו"ש, כאשר ברקע מפגינה הרשות חולשה עמוקה וקושי או חוסר רצון ליטול אחריות על מוקדי הכאוס המתהווים באזור, ובראשם העיר שכם.
העובדה שאבו מאזן, וויתר הלכה למעשה על יכולתו להביא הישג כלשהו לעמו, מגבירה את התסיסה ברחוב הפלסטיני ואת פעילותם של גורמי כוח שונים במאבקם על עמדות הנהגה עתידיות. בהיעדר יורש טבעי, צפוי המאבק על מנהיגותו לתפוס תאוצה מצד אלו הרואים את עצמם כמנהיגים פוטנציאליים עתידיים של העם הפלסטיני. בקרב הזה על המנהיגות ישתתפו לא רק בכירי הפת"ח אלא גם בכירי חמא"ס שינסו לנצל את המצב ולהשתלט על עמדות הכוח של הרש"פ גם באיו"ש. עובדה זו, בשילוב עם ההנחה שכל מנהיג שיגיע ינקוט תחילה בקו נוקשה ולאומני על מנת לחזק את מעמדו, מחזקת את ההבנה כי ללא שינוי מהותי בהתנהלות הישראלית, אנו עומדים בפני הסלמה משמעותית במערכת היחסים המדינית והביטחונית מול הרשות הפלסטינית.
מעבר לנטרול האיומים הביטחוניים המיידיים (בעיקר חוליות דוגמת "גוב האריות" בשכם או תשתיות שחמאס והג'האד האסלאמי מנסים לגבש ולהפעיל) תצטרך הממשלה החדשה לנקוט עוד מספר מהלכים על מנת להביא להרגעה של השטח. במסגרת זו, מומלץ להמשיך ולשמר את כלל ערוצי התיאום עם הרשות, ובמיוחד זה הביטחוני; להמשיך ולקיים את מרקם החיים האזרחי, שאפשר עד כה להרחיק את רוב הציבור הפלסטיני מהשתלבות במאבק; ולפחות בטווח הנראה לעין להבהיר כי אין לישראל עניין בשינוי קיצוני של המציאות הנוכחית, ובמיוחד החלת ריבונות על חלקים מאיו"ש ו/או קיצוץ דרסטי בתמיכה הכלכלית של ישראל ברשות. מנגד, צעדים ישראליים חד-צדדיים, כגון סיפוח שטחי C, עלולים להוביל לפגיעה קשה ביחסים ובשיתופי הפעולה עם הממשל האמריקני, האיחוד האירופי והמדינות הסוניות, ולהקרין על המציאות הביטחונית בשטח.
כמו כן, ישראל צריכה לגלות רגישות רבה בכל הקשור לסוגיית ירושלים והמקומות הקדושים, ולהימנע מצעדים העלולים להיתפס כמפרים את האיזון העדין שקיים בשטח ולהוביל להתפרצות אלימה, שתצטייר בעולם המוסלמי והערבי כמלחמת דת. בהקשר זה, ישראל צריכה לפעול להידוק התיאום עם הרשות הפלסטינית ועם ירדן, שכבר הביעה חשש מצעדים אפשריים של ישראל בירושלים. שימור שיתוף-הפעולה עם הממלכה הינו חיוני לאבטחת האינטרסים העליונים של הביטחון הלאומי של ישראל.