האתגר המרכזי כיום הוא האיום הביטחוני הגובר בצפון השומרון המאיים להתפשט לאזורים אחרים ביהודה ושומרון. זאת, לצד תחושות תסכול וייאוש של ההנהגה והציבור הפלסטינים, וקשיי המשילות של הרשות, שמתבטאים בין היתר בקושי גובר ובחוסר רצון ליטול אחריות על מוקדי הכאוס המתהווים. כתוצאה מכך, ישראל נדרשת כמעמסה הולכת וגוברת, לקחת על עצמה אחריות גדולה יותר, באופן ששואב את צה"ל לביצוע פעולות נרחבות גם ללא שת"פ מצד כוחות הביטחון הפלסטינים, ולהגברת החיכוך עם אוכלוסיית יהודה ושומרון. מציאות זו מובילה להגברת מגמות הדה-לגיטימציה, ועלולה להעיב על המאמצים לבנות יחסי אמון ושיתוף פעולה בין הממשלה החדשה לממשל האמריקני ואף לפגום במערכות היחסים עם המדינות הסוניות במרחב.
נוכח אתגרים אלו, הממשלה החדשה תצטרך להפנים כי מאמצים לנטרול האיומים הביטחוניים המיידיים, ייתנו מענה זמני וחלקי בלבד, וכי פוטנציאל הנפיצות גובר, ולאורך זמן נדרש שינוי מהותי באסטרטגיה ובמערכת היחסים מול הרשות. מעשית, הממשלה תהא חייבת להמשיך ולשמר את כלל ערוצי התיאום עם הרשות, ובמיוחד זה הביטחוני. במקביל, ובמטרה להבטיח את קיום מרקם החיים האזרחי, ישראל תצטרך להימנע מצעדי ענישה כלכליים. אלו עלולים להוביל להחרפת המצוקות הכלכליות, לכרסום נוסף בנכונות של מנגנוני הביטחון לשתף פעולה לסיכול טרור ולהגברת תחושות המרמור של האוכלוסייה, בעיקר בקרב בני הדור הצעיר. במקביל, ישראל תצטרך להיזהר מביצוע צעדים חד-צדדיים שיש בהם כדי לשנות את המציאות בשטח. זאת, בייחוד בכל הקשור להחלת הריבונות על שטחים ביהודה ושומרון, לאישור מאחזים לא חוקיים ולשינוי הסטטוס-קוו במקומות הקדושים בירושלים.